Ketentuan peraturan perpajakan dalam penggunaan dana bantuan pemerintah dan Dana BOS diatur sebagai berikut:
1. Kewajiban perpajakan yang terkait dengan penggunaan dana BOS untuk pembelian ATK/bahan/penggandaan dan lain-lain pada kegiatan penerimaan siswa baru; kesiswaan; ulangan harian, ulangan umum, ujian sekolah dan laporan hasil belajar siswa; pembelian bahan-bahan habis pakai, seperti buku tulis, kapur tulis, pensil dan bahan praktikum; pengembangan profesi guru; pembelian bahan-bahan untuk perawatan/perbaikan ringan gedung sekolah
a. Bagi bendaharawan/pengelola dana BOS pada Sekolah Negeri atas penggunaan dana BOS sebagaimana tersebut di atas adalah:
i. Memungut PPh Pasal 22 sebesar 1,5% dari nilai pembelian tidak termasuk PPN dan menyetorkannya ke kas negara. Dalam hal nilai pembelian tersebut tidak melebihi jumlah Rp 1.000.000,- (satu juta rupiah) dan bukan merupakan jumlah yang dipecah-pecah, maka atas pengadaan atau pembelian barang tersebut tidak dilakukan pemungutan PPh Pasal 22.
ii. Memungut dan menyetor PPN sebesar 10% untuk nilai pembelian lebih dari Rp 1.000.000,- (satu juta rupiah) atas penyerahan Barang Kena Pajak dan atau Jasa Kena Pajak oleh Pengusaha Kena Pajak Rekanan Pemerintah. Namun untuk nilai pembelian ditambah PPN-nya jumlahnya tidak melebihi Rp 1.000.000,- (satu juta rupiah) dan bukan merupakan pembayaran yang dipecah-pecah, PPN yang terutang dipungut dan disetor oleh Pengusaha Kena Pajak Rekanan Pemerintah sesuai dengan ketentuan yang berlaku umum1. Pemungut PPN dalam hal ini bendaharawan pemerintah tidak perlu memungut PPN atas pembelian barang dan atau jasa yang dilakukan oleh bukan Pengusaha Kena Pajak (Keputusan Dirjen Pajak nomor KEP-382/PJ/2002 tentang Pedoman pelaksanaan pemungutan, penyetoran dan pelaporan PPN dan PPnBM bagi pemungut PPN dan Pengusaha Kena Pajak Rekanan Pemerintah).
b. Bagi bendaharawan/pengelola dana BOS pada Sekolah bukan negeri adalah tidak termasuk bendaharawan pemerintah sehingga tidak termasuk sebagai pihak yang ditunjuk sebagai pemungut PPh Pasal 22 dan atau PPN. Dengan demikian kewajiban perpajakan bagi bendaharawan/pengelola dana BOS pada Sekolah Bukan Negeri yang terkait atas penggunaan dana BOS untuk belanja barang sebagaimana tersebut diatas adalah:
i. Tidak mempunyai kewajiban memungut PPh Pasal 22, karena tidak termasuk sebagai pihak yang ditunjuk sebagai pemungut PPh Pasal 22.
ii. Membayar PPN yang dipungut oleh pihak penjual (Pengusaha Kena Pajak).
2. Kewajiban perpajakan yang terkait dengan penggunaan dana BOS untuk pengadaan buku teks pelajaran dan buku referensi untuk dikoleksi di perpustakaan:
a. Bagi bendaharawan/pengelola dana BOS pada sekolah negeri atas penggunaan dana BOS untuk pengadaan buku pelajaran pokok dan buku penunjang untuk perpustakaan adalah:
i. Memungut PPh Pasal 22 sebesar 1,5% dari nilai pembelian tidak termasuk PPN dan menyetorkannya ke kas negara. Dalam hal nilai pembelian tersebut tidak melebihi jumlah Rp 1.000.000,- (satu juta rupiah) dan bukan merupakan jumlah yang dipecah-pecah, maka atas pengadaan atau pembelian barang tersebut tidak dilakukan pemungutan PPh Pasal 22.
ii. Atas pembelian buku-buku pelajaran umum, kitab suci dan buku-buku pelajaran agama, PPN yang terutang dibebaskan.
iii. Memungut dan menyetor PPN sebesar 10% untuk nilai pembelian lebih dari Rp 1.000.000,- (satu juta rupiah) atas penyerahan Barang Kena Pajak berupa buku-buku yang bukan buku pelajaran umum, kitab suci dan buku-buku pelajaran agama. Namun untuk nilai pembelian ditambah PPN-nya jumlahnya tidak melebihi Rp 1.000.000,- (satu juta rupiah) dan bukan merupakan pembayaran yang dipecah-pecah, PPN yang terutang dipungut dan disetor oleh Pengusaha Kena Pajak Rekanan Pemerintah.
b. Bendaharawan/pengelola dana BOS pada Sekolah Bukan Negeri adalah tidak termasuk bendaharawan pemerintah sehingga tidak termasuk sebagai pihak yang ditunjuk sebagai Pemungut PPh Pasal 22 dan atau PPN. Dengan demikian kewajiban perpajakan bagi bendaharawan/pengelola dana BOS pada Sekolah Bukan Negeri yang terkait dengan pengadaan buku teks pelajaran dan buku referensi untuk perpustakaan adalah:
i. Tidak mempunyai kewajiban memungut PPh Pasal 22,karena tidak termasuk sebagai pihak yang ditunjuk sebagai pemungut PPh Pasal 22.
ii. Atas pembelian buku-buku pelajaran umum, kitab suci dan buku-buku pelajaran agama, PPN yang terutang dibebaskan.
iii. Membayar PPN yang dipungut oleh pihak penjual (Pengusaha Kena Pajak) atas pembelian buku yang bukan buku-buku pelajaran umum, kitab suci dan buku-buku pelajaran agama.
3. Kewajiban perpajakan yang terkait dengan pemberian honor pada kegiatan penerimaan siswa baru, kesiswaan, pengembangan profesi guru, penyusunan laporan BOS dan kegiatan pembelajaran pada SMP Terbuka. Semua bendaharawan/penanggung jawab dana BOS baik pada sekolah negeri maupun sekolah bukan negeri:
a. Atas pembayaran honor kepada guru non PNS sebagai peserta kegiatan, harus dipotong PPh Pasal 21 dengan menerapkan tarif Pasal 17 UU PPh sebesar 5 % dari jumlah bruto honor.
b. Atas pembayaran honor kepada guru PNS Golongan IIIA ke atas harus dipotong PPh Pasal 21 yang bersifat final sebesar 15% dari jumlah honor.
c. Atas pembayaran honor kepada guru PNS Golongan IID ke bawah tidak dilakukan pemotongan PPh Pasal 21. Namun atas honor tersebut wajib dilaporkan dan dihitung PPh-nya dalam SPT Tahunan PPh Orang pribadi dari guru tersebut.
4. Kewajiban perpajakan yang terkait dengan penggunaan dana BOS dalam rangka membayar honorarium guru dan tenaga kependidikan honorer sekolah yang tidak dibiayai dari Pemerintah Pusat dan atau Daerah yang dibayarkan bulanan diatur sebagai berikut:
a. Penghasilan rutin setiap bulan untuk guru tidak tetap (GTT), Tenaga Kependidikan Honorer, Pegawai Tidak Tetap (PTT), untuk jumlah sebulan sampai dengan Rp 1.320.000,- (satu juta tiga ratus dua puluh ribu rupiah) tidak terhutang PPh Pasal 21.
b. Untuk jumlah lebih dari itu, PPh Pasal 21 dihitung dengan menyetahunkan penghasilan sebulan. Dengan perhitungan sebagai berikut:
i. Penghasilan sebulan ………………………………………………………………………………………. XX
ii. Dikurangi biaya jabatan 5%, maks Rp 500.000 sebulan …………………………………… (XX)
iii. Penghasilan netto sebulan ………………………………………………………………………………. XX
iv. Penghasilan netto setahun (x 12) ……………………………………………………………………... XX
v. Dikurangi PTKP*) …………………………………………………………………………………………... (XX)
vi. Penghasilan Kena Pajak ……………………………………………………………………………………. XX
vii. PPh Pasal 21 terutang setahun 5% (jumlah s.d. Rp 50 juta) dst …………………………... XX
viii. PPh Pasal 21 sebulan (:12) ……………………………………………………………………………….. XX
*) Besarnya Penghasilan Tidak Kena Pajak (PTKP) Tahun 2009, adalah:
a. Status sendiri …………………………………………………………………………….. Rp 15,84 juta
b. Tambahan status kawin ………………………………………………………………. Rp 1,32 juta
c. Tambahan tanggungan keluarga, maksimal 3 orang @ …………………………………. Rp 1,32 juta
5. Kewajiban perpajakan yang terkait dengan penggunaan dana BOS, baik pada Sekolah Negeri, Sekolah Swasta, untuk membayar honor kepada tenaga kerja lepas orang pribadi yang melaksanakan kegiatan perawatan atau pemeliharaan sekolah harus memotong PPh Pasal 21 dengan ketentuan sebagai berikut:
a. Jika upah harian atau rata-rata upah harian yang diterima tidak melebihi Rp 150.000,- (seratus lima puluh ribu rupiah) dan jumlah seluruh upah yang diterima dalam bulan takwim yang bersangkutan belum melebihi Rp 1.320.000,- (satu juta tiga ratus dua puluh ribu rupiah), maka tidak ada PPh Pasal 21 yang dipotong;
b. Jika upah harian atau rata-rata upah harian yang diterima tidak melebihi Rp 150.000,- (seratus lima puluh ribu rupiah), namun jumlah seluruh upah yang diterima dalam bulan takwim yang bersangkutan telah melebihi Rp 1.320.000,- (satu juta tiga ratus dua puluh ribu rupiah), maka pada saat jumlah seluruh upah telah melebihi Rp 1.320.000,- (satu juta tiga ratus dua puluh ribu rupiah) harus dipotong PPh Pasal 21 sebesar 5% atas jumlah bruto upah setelah dikurangi Penghasilan Tidak Kena Pajak (PTKP) yang sebenarnya;
c. Jika upah harian atau rata-rata upah harian yang diterima lebih dari Rp 150.000,- (seratus lima puluh ribu rupiah) dan jumlah seluruh upah yang diterima dalam bulan takwim yang bersangkutan belum melebihi Rp 1.320.000,- (satu juta tiga ratus dua puluh ribu rupiah), maka harus dipotong PPh Pasal 21 sebesar 5% dari jumlah upah harian atau rata-rata upah harian di atas Rp 150.000,- (seratus lima puluh ribu rupiah);
d. Jika upah harian atau rata-rata upah harian yang diterima lebih dari Rp 150.000,- (seratus lima puluh ribu rupiah) dan jumlah seluruh upah yang diterima dalam bulan takwim yang bersangkutan telah melebihi Rp 1.320.000,- (satu juta tiga ratus dua puluh ribu rupiah), maka pada saat jumlah seluruh upah telah melebihi Rp 1.320.000,- (satu juta tiga ratus dua puluh ribu rupiah), harus dihitung kembali jumlah PPh Pasal 21 yang harus dipotong dengan menerapkan tarif 5% atas jumlah bruto upah setelah dikurangi Penghasilan Tidak Kena Pajak (PTKP) yang sebenarnya.